Phú Yên trước đây được cả nước biết đến chỉ là vựa lúa của miền Trung cùng môt vài cơ sở

Giá trị sản xuất Công nghiệp liên tục tăng trưởng với tốc độ cao: Giai đoạn từ năm 1989 đến năm 1995 tăng 9,75%; Giai đoạn từ 1996 - 2005 tăng 21,58%.

Tỷ trọng GDP công nghiệp trong GDP của Tỉnh tăng từ 8,51% ở năm 1995 lên 24,87% năm 2005. 

Kim ngạch xuất khẩu từ sản phẩm công nghiệp của Tỉnh đến năm 2005 đạt 49 triệu USD và gấp 6 lần so với năm 1995.

Lực lượng sản xuất cũng có sự phát triển mạnh mẽ về số lượng và chất lượng. Từ 1.925 cơ sở sản xuất công nghiệp năm 1995 nay đã có hơn 8.000 cơ sở sản xuất công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp. Nhiều cơ sở được mở rộng qui mô, đầu tư chiều sâu, đổi mới thiết bị công nghệ và đa dạng hóa sản phẩm. Nhiều cơ sở mới thành lập đã đầu tư ngay các thiết bị công nghệ tiên tiến, hiện đại với mức vốn đầu tư từ vài chục đến hàng trăm tỷ đồng, một số cơ sở sử dụng thường xuyên từ 500 đến gần 2500 lao động địa phương.

Các Khu công nghiệp Hòa Hiệp I, An Phú I và Đông Bắc Sông Cầu I với tổng diện tích 282 ha đã cơ bản hoàn thành các hạn mục đầu tư cơ sở hạ tầng và đáp ứng được nhu cầu về mặt bằng cho nhà đầu tư. Do vậy đã có 70 dự án đăng ký và được cấp phép đầu tư vào các Khu công nghiệp với tổng vốn: 719,3 tỷ đồng VN và 73,9 triệu USD, trong đó có 12 dự án 100% vốn đầu tư nước ngoài.

Hiện có 27 dự án đi vào hoạt động chủ yếu sản xuất ở các lĩnh vực: hải sản, nhân hạt điều, gỗ mỹ nghệ xuất khẩu, ván xốp, thức ăn tôm, bột cá dinh dưỡng, thuốc thú y thủy sản, nhựa, bê tông cốt thép và mạ kẽm, sản xuất đồng, gang thép, các loại cửa kính xây dựng; giá trị sản xuất công nghiệp ước thực hiện đạt 326,4 tỷ đồng, chiếm 15,28% giá trị sản xuất công nghiệp của toàn ngành.; giải quyết việc làm cho hơn 5.500 lao động. Và 17 dự án đang triển khai đầu tư xây dựng, dự kiến sẽ đưa vào hoạt động trong năm 2006.

Bên cạnh đó KCN Hòa Hiệp II (221ha), KCN Đông bắc Sông Cầu (298ha) đang tiến hành đầu tư cơ sở hạ tầng, KCN An Phú II (50ha), KCN Hòa Hiệp III (385ha) đang khẩn trương triển khai công tác chuẩn bị đầu tư.

Ngoài việc quy hoạch các khu Công nghiệp tập trung của tỉnh, Phú Yên đã xây xong Quy hoạch mạng lưới các điểm công nghiệp đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020 nhằm chuẩn bị hình thành mạng lưới các điểm công nghiệp  để đáp ứng nhu cầu về mặt bằng cho sự phát triển của các cơ sở sản xuất TTCN và làng nghề trong thời gian tới, góp phần tổ chức, bố trí lại lực lượng sản xuất một cách hợp lý  và khai thác tốt các tiềm năng, thế mạnh của từng địa phương. Đến nay, đã có 8 điểm công nghiệp trong danh mục các Điểm công nghiệp ưu tiên từ đầu năm 2005 được tỉnh cho chủ trương đầu tư cơ sở hạ tầng.

Trong đó có 2 Điểm công nghiệp: Hòa An (huyện Phú Hòa) và Tam Giang (huyện Tuy An) đã cơ bản hoàn thành công tác san lấp mặt bằng để phục vụ cho các nhà đầu tư. Đến nay có 17 dự án đăng ký đầu tư; trong đó có 01 dự án đưa vào hoạt động, 09 dự án đang đầu tư xây dựng nhà xưởng và 04 dự án đang chuẩn bị đầu tư.

Các điểm công nghiệp Sông Hinh, Ba Bản, Thành phố Tuy Hòa đang hoàn tất các thủ tục đầu tư để chuẩn bị đầu tư cơ sở hạ tầng. Các điểm công nghiệp còn lại đang chuẩn bị thủ tục đầu tư trình UBND tỉnh cho phép thực hiện.